Целью деятельности департамента является обеспечение доступной и качественной медицинской помощи населению Томской области.

Задачами деятельности департамента являются:

• реализация стратегических и приоритетных направлений государственной политики в области здравоохранения;
• повышение эффективности функционирования системы здравоохранения;
• охрана здоровья населения Томской области;
• охрана здоровья матери и ребенка;
• снижение смертности от заболеваний;
• предупреждение распространения социально значимых заболеваний.